お口の中には500~800種類もの菌が存在しています。
その中でむし歯に関係のある菌はストレプトコッカスミュータンス、通称ミュータンス菌・むし歯菌と言われています。ヒトの場合はとくにプラーク（歯垢）中に多く、この菌は歯の表面に強く粘着し、舌面や唾液中からはあまり検出されません。
年齢的にみると、生まれたての乳児の口からはあまりみられませんが、乳歯が生え始める頃からみられるようになり、年を重ねるごとに高い検出率を示すようになります。この菌がむし歯の発生に重要な役割を演じていると考えられています。
歯の表面（エナメル質表層）に強固なプラーク（歯垢）が形成されると、この菌は乳酸発酵を行います。するとプラーク（歯垢）の中に乳酸が蓄積され、これがエナメル質を腐蝕（脱灰）し、むし歯が始まるのです。
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